UTULab Clostridium difficile, genotyypitys Lyhenne: CldiNhO, Kl no: 12518 Yleistä Clostridium difficile on itiöitä muodostava suolistobakteeri, jonka kannoista osa tuottaa toksiineja. Toksiinien erittyminen suoleen saa aikaan ripulin tai pseudomembranoottisen koliitin. C. difficile -ripuli liittyy useimmiten edeltävään mikrobilääkehoitoon, joka vaikuttaa suoliston normaaliin bakteerikasvustoon aiheuttaen C. difficilen lisääntymisen. Viime vuosina on havaittu aikaisempaa vaikeampien tautimuotojen lisääntyneen erityisesti vanhuspotilaiden keskuudessa. Aiheuttajana on ollut uusi kanta, joka tuottaa moninkertaisen määrän toksiineja aiempiin kantoihin verrattuna. Kyseinen tautityyppi voi olla tavallista C. difficile -koliittia vakavaoireisempi ja voi johtaa jopa potilaan kuolemaan. C. difficilen hypervirulentit kannat todetaan genotyypitys-testillä. Testi tehdään Ulosteviljely-2 tutkimukseen lähetetyistä näytteistä, joista on eristetty C difficile. Testi perustuu kolmen eri geenin geenimonistukseen. Tes-tissä tutkitaan eristetystä C difficile kannasta seuraavat geenit: cdtB   Binääritoksiini, löytyy ainoastaan hyperviru-lenteista kannoista tcdB   B-toksiini, löytyy kaikista toksiinipositiivisista kannoista tcdC   Toksiinin tuottoa säätelevä C-geeni. Hyper-virulenteissa kannoissa geenin rakenne on muuttunut Genotyypitystestillä voidaan todeta onko tutkittava kanta C difficile, onko kanta toksiinia tuottava ja onko kannassa hy-pervirulentille kannalle ominaiset geenimuutokset. Menetelmä   Geenimonistus. UTULab Tekotiheys   Tutkimus tehdään arkipäivisin. Tutkimuksen tekeminen kestää 2-3 vrk. Tulkinta   Genotyypitystutkimuksen vastausvaihtoehdot: - Clostridium difficile, toksiini negatiivinen - Clostridium difficile, toksiini positiivinen, kannalla ei ole hypervirulentin kannan virulenssiominaisuuksia - Clostridium difficile, toksiini positiivinen, kannalla on hypervirulentin 027 ribotyypin virulenssiominaisuudet Tiedustelut:   Laboratorio: (02) 333 7514, lääkäri:(02) 333 7413 Lähete:   Bakteriologisten tutkimusten lähete Näyte:   Ulostenäytettä purkissa. Näytteen kuljetus ja säilytysaika: Näyte säilytetään ja kuljetetaan jääkaappilämpötilassa. Säi-lyvyysaika 3 vrk. päivitetty 18.11.2008/ee   http://209.85.129.132/search? q=cache:iX2nKsO52igJ:www.med.utu.fi/tiedostot/ylab/pdf/CLD%2520GENOTYYPITYS.pdf+clostridium+difficile &hl=fi&ct=clnk&cd=30&gl=fi&client=firefox-a

Tiedote 5.3.2008

UTULab

Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia
Puh. (02) 333 7424

UTULab
Kiinamyllynkatu 13, 20520 Turku

Turun yliopisto, lääketieteellinen mikrobiologia ja immunologia
Puh. (02) 333 7404 tai 0400 479 749

Turun yliopisto, virusoppi
www.utulab.fi, info@utulab.fi

Kansanterveyslaitos, bakteeri- ja tulehdustautien osasto, mykobakteerilaboratorio

TIEDOTE 1/2008 5.3.2008

Olemme ottaneet 1.3.2008 alkaen käyttöön uuden tutkimuksen:
Clostridium difficile, genotyypitys (Osana Ulosteviljely-2 tutkimusta)

Tutkimuksen nimi: Clostridium difficile, genotyypitys
Lyhenne: CldiNhO, Atk-no: 12518
Yleistä:
Clostridium difficile (Cl. difficile) on itiöitä muodostava suolistobakteeri, jonka kannoista osa tuottaa toksiineja. Toksiinien erittyminen suoleen saa aikaan ripulin tai pseudomembranoottisen koliitin. Cl. difficile -ripuli liittyy useimmiten edeltävään mikrobilääkehoitoon, joka vaikuttaa suoliston normaaliin bakteerikasvustoon
aiheuttaen Cl. difficilen lisääntymisen. Viime vuosina on havaittu aikaisempaa vaikeampien
tautimuotojen lisääntyneen erityisesti vanhuspotilaiden keskuudessa. Aiheuttajana on ollut uusi kanta, joka tuottaa moninkertaisen määrän toksiineja aiempiin kantoihin verrattuna. Kyseinen tautityyppi voi olla tavallista Cl. difficile -koliittia vakavaoireisempi ja voi johtaa jopa potilaan kuolemaan.

Cl. difficilen hypervirulentin kannan toteamiseksi on otettu käyttöön genotyypitys-testi.
Testi tehdään ilman eri pyyntöä kaikista Ulosteviljely-2 tutkimukseen lähetetyistä näytteistä, joista on eristetty
Cl. difficile.
Testi perustuu kolmen eri geenin geenimonistukseen. Testissä tutkitaan eristetystä Cl. difficile kannasta seuraavat
geenit:

cdtB Binääritoksiini, löytyy ainoastaan hypervirulenteista kannoista
tcdB B-toksiini, löytyy kaikista toksiinipositiivisista kannoista
tcdC Toksiinin tuottoa säätelevä C-geeni. Hypervirulenteissa kannoissa geenin rakenne on muuttunut
Genotyypitystestillä voidaan todeta onko tutkittava kanta Cl. difficile, onko kanta toksiinia tuottava ja onko
kannassa hypervirulentille kannalle ominaiset geenimuutokset.

Näyte:
Lisätutkimuksen takia Ulosteviljely-2 tutkimukseen otetaan kaksi näytetikkua.
Ulostenäyte pumpulitikulla näytteenottoputkeen. Kumpikin tikku pannaan omaan kuljetusputkeen.

Menetelmä: Geenimonistus.

Tekotiheys: Tutkimus tehdään arkipäivisin. Tutkimuksen tekeminen kestää 2-3 vrk.

Tulkinta:
Ulosteviljely-2 tutkimus vastataan normaalikäytännön mukaan. Jos näytteestä kasvaa Cl. difficile, vastataan
se Ulosteviljely-2 tutkimuksen yhteydessä. Ulosteviljely-2 tutkimukseen lisätään kommentti: Kannan toksiinin
tuotto ja virulenssiominaisuudet tutkitaan jatkotutkimuksena (CldiNhO), josta erillinen vastaus.

Genotyypitystutkimuksen vastausvaihtoehdot:
- Clostridium difficile, toksiini negatiivinen
- Clostridium difficile, toksiini positiivinen, kannalla ei ole hypervirulentin kannan virulenssiominaisuuksia
- Clostridium difficile, toksiini positiivinen, kannalla on hypervirulentin 027 ribotyypin virulenssiominaisuudet.

Genotyypitysvastauksessa ja Ulosteviljely-2 tutkimusvastauksessa on molemmissa näytekohtainen IDnumero,
jonka avulla voidaan yhdistää mistä Ulosteviljely-2 näytteestä genotyypitystulos on saatu.

Tiedustelut:
Laboratorio: (02) 333 7414, lääkäri (02) 333 7413